Kerja sama Dalam Negeri
| No. | Nama Instansi | Jenis Kegiatan | Kurun Waktu Kerja Sama | Manfaat yang Telah Diperoleh | |
| Mulai | Berakhir | ||||
| 1 | Pemerintah Negeri Rutong-Kota Ambon | Pendidikan, Penelitian dan pengabdian pada masyarakat | 2004 | sekarang | Terdapat sejumlah mahasiswa dan dosen yang melakukan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat |
| 2 | Fak. Ilmu dan Teknologi Kebumian – ITB | Pendidikan, Penelitian pengabdian | 2011 | 2016 | Peningkatan Kerjasama antar kepala-kepala Lab |
| 3 | Fak. Perikanan dan Ilmu Kelautan Unv. Diponegoro | Pendidikan, Penelitian pengabdian | 2011 | sekarang | Terdapat sejumlah dosen yang melakukanstudi lanjut S2 dan S3 dan kegiatan studi banding |
| 4 | LIPI Jakarta | Penelitian | 2009 | 2015 | Adanya Kerjasama dalam bidang penelitian |
| 5 | LIPI Ambon | Penelitian | 2009 | 2014 | Kerjasama penelitian kelautan |
| 6 | PPN Ambon | Pengembangan Tri Darma PT | 2012 | 2017 | Terdapat sejumlah karyawan yang melanjutkan studi |
| 7 | SUPM Ambon | Pengembangan Tri Darma PT | 2012 | 2017 | Pemanfaatan fasilitas penelitian, studi lanjut untuk pegawai SUPM |
| 8 | DKP Propinsi Maluku | Pengembangan Tri Darma PT | 2012 | 2017 | Pemanfaatan tenaga dosen dalam kerjasama penelitian dan pengabdian serta terdapat sejumlah pegawai DKP yang melakukan studi lanjut |
| 9 | Pemerintah Kota Ambon | Pengembangan bidang kajian dan penelitian perikanan dan kelautan | 2013 | 2018 | Pengembangan bidang perikanan dan ilmu kelautan termasuk pengelolaan SD pesisir dan laut |
| 10 | UNPAD Bandung | Pendidikan dan penelitian | 2013 | 2016 | Peningkatan kualitas SDM dan peningkatan kerjasama penelitian |
| 11 | Pusat Penelitian Sosial Ekonomi Kelautan & Perikanan. Badan Penelitian & Pengembangan Kelautan & Perikanan | Pendidikan, Penelitian, Pengembangan & Penerapan IPTEK di bidang Kelautan & Perikanan | 2014 | 2016 | Peningkatan kapasitas SDM (mahasiswa dan dosen) dalam penelitian dan memperoleh data dan informasi kajian perikanan dan kelautan |
| 12 | FPIK Universitas IQRA Buru | Pendidikan, Penelitian & Pengabdian pada Masyarakat | 2016 | sekarang | Pengembangan bidang pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat dalam bidang perikanan dan ilmu kelautan |
| 13 | Yayasan WWF Indonesia | Konservasi & Keanekaragaman Hayati | 2014 | sekarang | Memperoleh kajian-kajian tentang Konservasi & Keanekaragaman Hayati serta meningkatkan kapasitas penelitian |
| 14 | DKP MBD | Pembuatan Data Base Sumberaya kelautan & Perikanan | 2016 | Sekarang | Memperoleh kajian-kajian dalam bidang perikanan dan kelautan dan meningkatkan SDM |
| 15 | INPEX Masela, Ltd | Penelitian | 2015 | sekarang | Memperoleh kajian-kajian dalam bidang perikanan dan kelautan yang bermanfaat untuk pengembangan blok Masela |
| 16 | DKP Maluku Tenggara | Pengembangan masyarakat pesisir - IFAD | 2016 | Sekarang | Meningkatkan kerjama dalam bidang penelitian dan pengabdian |
| 17 | DKP Buru Selatan | Pengkajian Profil Potensi & Peluang Investasi Sumberdaya Perikanan | 2014 | 2019 | Memperoleh kajian-kajian dalam bidang perikanan dan kelautan |
Kerja Sama Luar Negeri
| No. | Nama Instansi | Jenis Kegiatan | Kurun Waktu Kerja Sama | Manfaat yang Telah Diperoleh | |
| Mulai | Berakhir | ||||
| 1 | ADS (Australian Development Schoolarship) | Seleksi Calon Mahasiswa S2 dan S3 yang akan diundi di Australia | 2006 | Sekarang | Peningkatan kemampuan SDM |
| 2 | JIBIC-Jepang | Peningkatan kemampuan SDM melalui Pelatihan, Seminar, Lokakarya serta pengembangan sarana prasarana Akademik | 2005 | Sekarang | Penguatan sistim kelembagaan dan SDM serta tersedianya sarana dan prasarana Akademik |
| 3 | DUPNA University | Peningkatan/pengembangan kemampuan SDM melalui Pelatihan, Seminar, Lokakarya.
| 2008 | Sekarang | Peningkatan kemampuan SDM |
| 4 | Tokyo University of Marine Science and Technology (TUMSAT) Japan |
| 2012 | 2017 | Meningkatkan kapasitas SDM melalui pendidikan dan penelitian dan dalam kegiatan seminar atau simposium |
| 5 | Deakin University |
| 2012 | 2017 | Berbagi pengalaman dan kemampuan dalam manajemen pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat |
| 6 | Texas A & M University-Corpus Christi | Pendidikan dan Penelitian | 2013 | 2016 | Meningkatkan kapasitas SDM melalui studi lanjut S2 dan S3 |
| 7 | Kagoshima University | Pendidikan dan Penelitian | 2015 | sekarang | Meningkatkan kapasitas SDM dalam bidang pendidikan dan penelitian |
